Nobre consultor,
Diriamos que temos duas respostas.
A primeira, quanto ao fato de ter assinado o art. 28, da 11;343/06, e após a execução das "penas" previstas e, consequente, extinção da punibilidade do acusado, entendo que aplica-se o disposto nos parágrafos § 4º e § 6º, do artigo 76 da Lei 9.099/99, que disciplina o rito processual estabelecido aos crimes de menor potencial ofensivo.
Diz a Lei, 9.099/99
Art. 76. Havendo representação ou tratando-se de crime de ação penal pública incondicionada, não sendo caso de arquivamento, o Ministério Público poderá propor a aplicação imediata de pena restritiva de direitos ou multas, a ser especificada na proposta
§ 4º Acolhendo a proposta do Ministério Público aceita pelo autor da infração, o Juiz aplicará a pena restritiva de direitos ou multa, que não importará em reincidência, sendo registrada apenas para impedir novamente o mesmo benefício no prazo de cinco anos.
§ 6º A imposição da sanção de que trata o § 4º deste artigo não constará de certidão de antecedentes criminais, salvo para os fins previstos no mesmo dispositivo, e não terá efeitos civis, cabendo aos interessados propor ação cabível no juízo cível.
Com relação quanto a certidão de antencedentes criminais emitida pelo Tribunal de Justiça, e parelamente o atestado de antecedentes criminais emitido pela SSP secretaria de segurança publica, aquelas certidões que utilizamos nem nosso dia a dia - essas sim, deverão constar, quando solicitada pelo requerente a expressão "NADA CONSTA", ou seja, não deverá constar nenhuma menção acerca de ação criminal em desfavor do requerente.
A segunda resposta, digo que infelizmente o registro criminal permanecerá, pois, quando o juiz recebe a denúncia do MP (acerca de qq crime) uma das suas primeiras providências é solicitar a F.A (Ficha de Antecedentes) do acusado, essa vinculada ao IIRGD, que vem toda a "capivara" do cidadão envolvido em inquerito, termo circusntanciado, processo e processo JEC - juizado especial criminal.
Por fim, do mesmo modo que a certidão de antecedentes criminais o atestado de antecedentes criminais, quando solicitado, caso o requerente tenha respondido a qualquer delito abrangido pelo rito processual da lei 9.099/99, deverá conter a expressão "NADA CONSTA",
Bom espero tê-lo ajudado!
Abraços