fala branco, não sou da área jurídica mas vou dar um pitaco.
Creio que a lei de apologia não pode ser considerada um atentado a liberdade da expressão, senão apenas no sentido de que você não tem a liberdade plena de dizer o que pensa (no caso de enaltecer um crime). Acontece que a noção de liberdade de expressão é mais ampla e não corresponde simplesmente à garantia de dizer qualquer coisa sem sofrer retaliações. Ou seja, não estamos tendo nossa liberdade cerceada na proibição de dizer "viva o crime organizado" pois se considera que o teor da expressão (essa minha frase) seria mais prejudicial à sociedade do que uma suposta censura à essa mesma frase.
Apesar da lei ser sempre alterada, questionar a sua validade não é o mesmo do que defender um crime. Exemplo típico é a marcha da maconha. Nesse evento, os participantes contestam um dispositivo legal, ou seja, uma lei que consideram inadequada mas não enaltecem o crime (como alguns desembargadores andam dizendo por aí). O fato de dizer: "sou contra a prisão de traficantes" não te torna um apologista do crime organizado, entende?
Não sei se o homosexualismo já foi crime no brasil (no sentido de ter havido uma proibição regulamentada). Eu sei que o estado brasileiro não prevê a união civil entre casais homoafetivos (mas agora o SFT liberou a união estável). É diferente dizer, por exemplo, que o brasil proíbe a poligamia. Na verdade, o estado proíbe o casamento civíl com mais de uma pessoa ao mesmo tempo, mas a prática poligamica (ter mais de um companheiro) não é proibida até porque entra na questão das liberdade individuais.
Acho que falei, falei e não te respondi. Se eu falei besteira aí me avisem! Vamos deixar as considerações mais embasadas pros consultores!